Genomics复习(4) — DNA序列比较2
1. BLAST是一种局部比对的搜索工具，采用了Heuristic方法。包括BLASTN, BLAST2, BLASTP, PSI-BLAST, TBLASTN…..
BLAST找到潜在匹配的种子：数据库索引话，将长度为W的字符拼版话，在数据库中寻找匹配(DNA-完全匹配，蛋白质-找到比阈值高的）；扩展潜在匹配；评估潜在匹配；检测和评估最后的匹配：利用Smith-Waterman局部比对算法，决定匹配的数据重要性
2. 低复杂区域：
基因组中包括低复杂区域，如重复的小片段（引物），高A-T区域（或其他有线的碱基），这些区域的匹配通常不明显，最好能在进行BLAST处理前屏蔽掉。
SEG：一种检测低信息区域的算法，利用信息理论，参数决定了粒度和力度。
1）检测低复杂区域，2）局部优化，尖锐边界
3. BLAST输出分数
S：DPA查询分数
Z：随机化查询序列多次，利用不同的比对
P：一个或多个序列的分数>=S的几率，p可以通过z计算出来
E：期望的序列分数>=S的数目，E=P*数据库的大小
4. Dotplots
比较两个序列，滑动窗口W，阈值T，比较窗口内的字符，计算窗口内的匹配数目，如果数目大于阈值则加上一个点
5. 多序列比对
打分方法：SP-成对数目，一致性（星形）：一个序列是其他序列的祖先，信息理论：最小熵，树形（渐进比对），图形
This entry was posted on Sunday, May 24th, 2009 at 6:24 pm and is filed under 生物 . You can follow any responses to this entry through the RSS 2.0 feed. You can leave a response, or trackback from your own site.
Hypotheken? Heel veel hypotheek informatie: verschillende hypotheekvormen, hypotheekrentes, nationale hypotheek garantie, hoe een hypotheek te vergelijken.
U wilt geld lenen zonder BKR toetsing? De opties hiervoor worden groter, kijk verder en ontdek hoe u wél geld kunt lenen, snel & eenvoudig.
U wilt geld lenen zonder BKR toetsing? De opties hiervoor worden groter, kijk verder en ontdek hoe u wél geld kunt lenen, snel & eenvoudig.
I’m happy to have found your very good article! I agree with some of your readers and will eagerly look forward to your coming updates. Just saying thanks will not just be adequate, for the wonderful lucidity in your writing. I will instantly grab your rss feed to stay privy of any updates. Good work and much success in your business efforts.
Migraine is een bonzende hoofdpijn die meestal voorkomt aan één kant van de schedel. De pijn is heftig en houdt 4 tot 72 uur aan.
Hoewel migraine op elke leeftijd voor het eerst kan optreden, begint dit type hoofdpijn meestal tussen de tien en veertig jaar. Bij de meeste mensen treedt