Featheast Lee 李羽东

1. BLAST是一种局部比对的搜索工具，采用了Heuristic方法。包括BLASTN, BLAST2, BLASTP, PSI-BLAST, TBLASTN…..
BLAST找到潜在匹配的种子：数据库索引话，将长度为W的字符拼版话，在数据库中寻找匹配(DNA-完全匹配，蛋白质-找到比阈值高的）；扩展潜在匹配；评估潜在匹配；检测和评估最后的匹配：利用Smith-Waterman局部比对算法，决定匹配的数据重要性

2. 低复杂区域：
基因组中包括低复杂区域，如重复的小片段（引物），高A-T区域（或其他有线的碱基），这些区域的匹配通常不明显，最好能在进行BLAST处理前屏蔽掉。
SEG：一种检测低信息区域的算法，利用信息理论，参数决定了粒度和力度。
1）检测低复杂区域，2）局部优化，尖锐边界

3. BLAST输出分数
S：DPA查询分数
Z：随机化查询序列多次，利用不同的比对
P：一个或多个序列的分数>=S的几率，p可以通过z计算出来
E：期望的序列分数>=S的数目，E=P*数据库的大小

4. Dotplots
比较两个序列，滑动窗口W，阈值T，比较窗口内的字符，计算窗口内的匹配数目，如果数目大于阈值则加上一个点

5. 多序列比对
打分方法：SP-成对数目，一致性（星形）：一个序列是其他序列的祖先，信息理论：最小熵，树形（渐进比对），图形